国家级教育基地（1个）
国家大学生文化素质教育基地
省部共建重点实验室（1个）
林木遗传与生物技术
南京林业大学部、省重点开放性实验室、工程研究中心（11个）
国家林业局林木遗传和基因工程重点开放性实验室
江苏省林木遗传和基因工程重点实验室
国家林业局生态工程重点开放性实验室
江苏省林业生态工程重点实验室
国家林业局木材加工与人造板工艺重点开放性实验室
江苏省木材加工与人造板工艺重点实验室
国家林业局林产化学加工重点开放性实验室
江苏省速生木材及农作物秸杆材料工程研究中心
南京市林木新品种繁育工程技术研究中心
江苏省有害生物入侵预防与控制重点实验室
江苏省制浆造纸科学技术重点实验室
国家林业局挂靠科研、技术监督检测机构（13个）
国家林业局南方林木种子检验中心
国家林业局南方植物新品种分子测定实验室
国家林业局南京人造板质量监督检验站
国家林业局竹材工程技术研究开发中心
国家林业局木材工业引进项目培训中心
国家林业局节能技术服务中心
国家林业局林产工业设备状态监测与故障诊断技术中心
国家林业局林产化工及纸浆造纸咨询培训中心
国家林业局南方森林工程开发服务中心
国家林业局林产品经济贸易研究中心
国家林业局南方植物新品种权事务所
木犀属植物栽培品种国际登录中心
全国危险性林业有害生物检验鉴定技术培训中心
南京林业大学科研机构（26个）
森林保护研究所 园林研究所
森林资源信息研究所 杨树研究开发中心
桂花研究中心 环境科学与工程研究中心
森林植物化学工程研究所 林业生物技术研究中心
经济植物研究所 竹类研究所
制浆造纸工程研究所 生物化工研究所
人造板研究所 干燥技术研究所
木材科学研究中心 家具研究所
竹材工程研究中心 机电工程研究所
水运研究所 社会生态研究所
企业管理与发展研究中心 现代物流研究中心
语言应用研究中心 木结构材料与工程研究中心
木材保护研究所 食品包装机械研究所
